Allen, de 31 años, compareció esposado y vestido con uniforme naranja, aunque no emitió declaraciones directas ante la corte, ya que su abogada presentó la declaración de inocencia en su nombre.
La fiscalía federal lo acusa de intentar asesinar a Trump durante la Cena de la Asociación de Corresponsales de la Casa Blanca, realizada el pasado 25 de abril en el hotel Washington Hilton.
De acuerdo con las investigaciones, Allen habría viajado desde California hasta Washington en tren y se hospedó en el mismo hotel donde se desarrolló el evento.
Las autoridades sostienen que irrumpió en un punto de control de seguridad portando una escopeta, una pistola y varios cuchillos.
La acusación señala además que disparó contra un agente del Servicio Secreto durante el incidente, lo que provocó un operativo de seguridad y la evacuación inmediata de Trump, de la primera dama Melania Trump y de otros altos funcionarios estadounidenses presentes en la cena.
Entre los cargos que enfrenta Allen se encuentran intento de asesinato del presidente de Estados Unidos, agresión contra un agente federal y delitos relacionados con armas de fuego. Si es declarado culpable, podría enfrentar cadena perpetua.
La defensa del acusado busca apartar del caso a funcionarios del Departamento de Justicia, entre ellos Todd Blanche y Jeanine Pirro, argumentando posibles conflictos de interés debido a que ambos estuvieron presentes durante el ataque.